Комплексная экспертиза проводиться экспертами разных специальностей. Каждый эксперт проводит исследование в пределах своих специальных знаний, излагает полученные результаты, подписывает их, и несет за них личную ответственность. Каждый эксперт, участвующий в производстве комплексной экспертизы, подписывает ту часть заключения, которая содержит описание проведенных им исследований и несет за нее ответственность. Общий вывод делают эксперты, компетентные в оценке полученных результатов и в формировании общего вывода.
Преимущество комплексного экспертного исследования в отличие от назначения нескольких экспертиз по одному объекту состоит в возможности координировать работу экспертов, осуществляя ее по определенному плану, используя различные методы в определенном порядке.
Руководитель экспертного центра разрабатывает общий план исследования, координирует деятельность группы экспертов, а также осуществляет связь с органом, назначившим экспертизу. Комплексные экспертизы целесообразно проводить в центрах, где имеются штатные эксперты всех необходимых специальностей, что бы комплексные вопросы обсуждать и решать совместно под единым руководством. Установленные с их помощью «частные» обстоятельства в их совокупности позволяют экспертам делать более широкие выводы по вопросам, которые были поставлены следователем или судом.